有机肥是不能完全代替化肥的。推广有机肥，将牲畜粪便、秸秆等无害化处理制作成有机肥，不但能够减少污染，而且能够提高土壤的有机质含量，这对于我们耕地是有利的，但施使用有机肥并不能完全代替化肥。

有机肥在氮磷钾等含量是不够的，特别是氮素的供应上供应不足，中微量元素的供应是也不足的，加上作物在生长期还是需要一些速效的肥料来维持生长，所以有步骤的使用有机肥代替化肥是正确之路，如果全部使用有机肥来替代，可能会造成缺肥状态。目前有机肥施用一般是有机肥作为基肥来施用，很多人在讲50%有机肥+50%复合肥，这个方案应该是从养分上来计算，而不是重量。虽然说多施用有机肥是有利于土壤改良的，但现在有些有机肥原料来源可能有问题，有可能造成重金属或抗生素等第二次污染，如果使用农家肥作为有机肥，一定也要将农家肥进行彻底腐熟。有机肥主要来源于动植物，如动物的排泄物、植物的植株残体等，经过发酵腐熟等一系列过程，去掉了其中的有毒有害物质，而富含氮、磷、钾等营养元素和氨基酸、黄腐酸等大量有益物质。与化肥相比，有机肥具有以下优势。

一是有机肥含有的营养丰富而全面，施入土壤后不但能为作物提供全面的养分供给，还有增加土壤中有机质含量，促进微生物活动，有利于改善土壤的理化性状和生物活性，进而提高土壤肥力。而化肥含有的营养元素相对单一，如果施入过量会破坏土壤结构，导致土壤板结。二是有机肥养分含量较低，但是释放慢，肥效期相对比较长，化肥养分含量高、施入土壤后见效快，但是肥效期短不包括缓释肥。

三是施有机肥后，可以提高果实品质，改善果实口感，而化肥过量施入则会降低果实品质。但是就目前中国农业生产现状来说，有机肥全面替代化肥困难很大。主要因为中国正在大力发展水肥一体化，倡导水肥耦合，滴灌施肥、微喷施肥等节水灌溉施肥技术应用面积越来越大，只有肥料溶于水才能随水施入。

但目前普通的有机肥难溶于水，大部分只能作为底肥施入。长季节生长的作物，在作物生长旺盛的时候还是需要补充肥料的，这时候有机肥施入就比较困难了如覆盖了地膜，而化肥施入就会相对简单，如水溶肥可以溶于水后随水施入。同时，化肥由于养分含量高，种类多样，还可以根据作物缺素症状进行有针对性的补充，如补充钙肥等。

但是随着过量施用化肥带来的危害日益加重，有机肥替代化肥将是一种趋势，但是还有很长的路要走，可以重点发展功能性有机肥，如黄腐酸肥、可以应用于滴灌等节水设施的有机肥等。