日本由北海道,本州,四国岛,九州四个主要岛屿组成。
北海道：（Hokkaido），是日本47个都道府县中唯一的道，也是最北的一级行政区，为日本除了本州以外最大的岛，也是世界面积第21大岛屿，略小于爱尔兰岛。南以津轻海峡界本州岛，北以宗谷海峡界库页岛。札幌是北海道的行政中心以及最大城市。
本州：（ほんしゅう ），也称本州岛，是日本最大的一个岛屿，位于日本列岛的中部，向北它与北海道岛隔津轻海峡相望，向南它与四国岛隔濑户内海相对，向西南它与九州岛隔关门海峡和丰后水道。本州是世界上第七大岛。
本州岛从东北向西南延伸全长约1300公里，宽度在50至230公里之间，海岸线全长5,450公里，其总面积为230,500平方公里，占日本总面积的60%。本州岛是大陆岛，岛上讫今仍有活跃火山，地震频繁。本州岛最高点是活火山富士山，高3,776米。本州岛上有多条河流，其中信浓川是日本最长的河流。沿本州岛的北部有山脉从东北一直延伸到西南，本州岛的山区也是岛上西南与东北气候差异如此之大的原因。
本州岛人口主要集中在关东平原上，重要城市有东京、大阪、横滨、名古屋、京都、神户等。是日本的政治、经济和文化中心。
四国：（日文假名：しこく），又称四国岛，在古代被称为伊予之二名岛（伊予二名洲）后简称为伊予岛（伊予洲）、二名岛（二名洲）。按照日本的行政区划包括德岛县（阿波）、香川县（赞岐）、爱媛县（伊予）和高知县（土佐）。（均属于五畿七道区划的南海道），由于分有四个国，所以近代便称之为四国岛。
四国岛位于本州西南部中国地方的南方，九州的东北方，与本州之间以濑户内海相隔。
北临濑户内海，南濒太平洋，东隔鸣门海峡、纪伊水道与本州的近畿地方为邻，西隔丰予海峡、丰后水道与九州相望。连同属岛面积约18800平方公里，人口425万（1986）。包括德岛、香川、爱嫒、高知4县。
九州：（きゅうしゅう），又称为九州岛，是日本第三大岛，位于日本西南端，东北隔关门海峡与本州岛相对，东隔丰予海峡和丰后水道与四国岛相望，东南临太平洋，西北隔朝鲜海峡与韩国为邻，西隔黄海、东海与中国遥对。旧为筑前、筑后、丰前、丰后、肥前、肥后、日向、萨摩、大隅，共九国，遂称九州。
广义上的九州则指九州地方，包括九州本岛上的福冈县、大分县、宫崎县、佐贺县、长崎县（含五岛列岛和对马岛）、熊本县、鹿儿岛县、冲绳县（含大隅诸岛和奄美群岛）等8县，人口约为14，363,341人（2016年），面积约3.79万平方公里，目前是日本高科技产业的主要集中地。九州地区设有3个政令指定都市（主要城市），即北九州市、福冈市和熊本市。
九州圈内设有九州大学、北九州市立大学、九州工业大学、熊本大学、长崎大学等日本一流国公立大学。