《十二国记》共分为四个部分，第一部分《月之影·影之海》，1－14集，主角是阳子和优香等，故事以阳子一行人来到异世界为开始，以阳子登上王位、优香回到原世界结束。第二部分《风之海·迷宫之岸》，15－21集，主角是泰麒，但关于泰麒和泰王失踪一事却始终没有说明原因。

第三部分《风之万里·黎明之空》22－39集，主角是阳子、祥琼、玲。

第四部分《东之海神·西之沧海》，40－45集，主角是尚隆、六太、斡由、更夜。一、十二国王主要角色景王（中岛阳子），她在景麒的协助下，她让老头远甫，成为声名远播的贤者。曾辅佐过庆国历史上的明君，让他当了冢宰，并将废除跪礼作为她登基的初赦。废除跪拜之礼作为初敕的阳子，想要把庆国建设为一个人人可以抬起自尊做人，不再分三五九等的国家。

景王在他登基后，历经九百年死去。延王（小松尚隆），原本是古代一个优秀的领主，却被凶恶的海盗夺去了领地与人民，来到雁国后也成为了治世长达四百年之久的一代明君。于阳子死后三百年自绝。

供王（珠晶），在麒麟死后亲自前往蓬山探视麒麟的果，经年而卒。泰王（乍骁宗），骁宗成为泰王后，瞒着泰麒进行了一系列政治清洗，逐渐招致了内乱。在原作的最后一部小说中，曾提到骁宗在平定国内叛乱时失踪，最后只找到了他被刀劈开的腰带。

二、十二麒麟主要角色景麒，选择了阳子为庆国的景王。但自己却因为被庆国伪王所捕，无法接近和帮助阳子，直到最后被阳子解救释放。延麒（六太），六太觉得自己没有成长，他不知道要怎样做才算是12国中最年长的麒麟应该做的，他也不知道要怎样才能完成宗麟的托付。

在延王死后，延麒六太不知所踪。塙麟（塙和），最后因为实在无力让王回心转意而逐渐失道而死。动画版中则是为了阻止王犯下弑杀领国君主的罪行而被王杀死。采麟（摇篮），在8岁时选了第一任王砥尚，砥尚失道自尽之后选择黄姑为王。

廉麟，选择了原本是农夫的鸭世卓当王，但因为鸭世卓在治国方面并不擅长，因而从旁协助他治国。泰麒（蒿里），泰王骁宗离开了鸿基到遥远的文州平乱，并于同月失踪。留在宫中的泰麒由于担心将使令都派去保护泰王，结果被密谋篡位的禁军右将军阿选砍去了角，并发生鸣食回到了日本。泰国的将军李斋拼死逃到庆国向阳子求助，阳子在尚隆和延麒的帮助下，组织七国麒麟搜索队，赶赴昆仑和蓬莱寻找泰麒，最后成功救回了生命垂危的泰麒。

失去了角的泰麒和失去手臂的李斋有感于对国民的责任，最终踏上了回到战乱的泰国寻找泰王的旅程。三、其他主要角色浅野，因为在十二国的世界呆的太久，绝望和流离的生活让他变得很神经质，于是被坏人利用了这一点，一度阻止阳子在十二国里待下去，但后来和阳子的见面让他变得清醒，在庆国内乱的危急时刻主动要求去求援，但在途中因为立场的不坚定被坏人杀了。乐俊，那个鼠兽，他最后是留在雁国继续学业。蓝头发的祥琼，在不知道阳子是景王的情况下这三个完全没有联系的主角很奇迹般的相遇相知到挚友最后好像是祥琼一直留在了庆国，祥琼曾经遇到过乐俊，乐俊给了她极大的帮助，让她的思想转变也很大。

优香 ，被巧国的塙王所利用，多次试图刺杀阳子。最后，她终于含泪接受了事实，与阳子和解，并回到了日本。