第一部，威震天来到地球寻找方块，他想靠方块把地球上的机器变成他的部下，然后回去重建并统治赛博坦星球，汽车人意识到那样会让地球人面临巨大灾难（想想地球上所有机器都没了，人类岂不回到原始社会了，还要被狂派摧残），于是汽车人出面阻止威震天，最后以威震天的死亡和方块的毁灭宣告结束。第二部，威震天的老大出面了，先利用没有完全毁灭的方块碎片来救活威震天，然后他们想找到能量矩阵来启动金字塔里的大机器摧毁太阳，并将太阳的能量带回赛博坦星球重建它并统治它（意图没变，至于怎么把能量带回去，那就要找第三部里的御天敌了），汽车人再次意识到地球人面临灾难（没了太阳肯定玩完），于是再次出面阻止，打斗中擎天柱牺牲，但是Sam率先找到能量矩阵，并利用他救活擎天柱，最后以金字塔里的大机器被毁而告终，这次主要角色没有牺牲（堕落金刚不算主要人物其实也是打酱油的）。

至于什么方块的能量到了Sam的大脑里那个情节，纯粹是给小Sam一点酱油打打第三部，威震天依然想重建并统治赛博坦星球，但是他们没办法了，于是想到了几十年前的御天敌，御天敌可以把赛博坦星球拉到地球旁边，然后直接抓地球人过去干活（这是最馊的注意），可是他们没有办法激活御天敌，于是把这重任交给了汽车人，办法就是通过老早就与霸天虎合作的几个地球人来引导汽车人去启动御天敌（柱子哥真的很笨），结果汽车人激活御天敌不久后发现他是“坏人”，于是再次开干，可是这次霸天虎人多势众，又有强大的御天敌坐镇，汽车人不敌，差点全军覆没，最后被女主角离间计才扭转败局，并把威震天和御天敌全部杀死，变形金刚三部曲宣告终结。

故事其实很连贯，有些地方电影表达的可能有点生硬，那都无所谓，应为这本来是给观众体验震撼的视听的，情节叙述倒是其次的。下面说说主要人物：霸天虎@威震天：执着的坏人，他的目的只有一个，重建并统治赛博坦星球，所有想阻止他的人都得死，其实第二部里要是堕落金刚最后成功了，也要被威震天杀死，只是这事最后柱子哥替他干了。霸天虎@堕落金刚：威震天的指导者，知道很多事情，把威震天当傀儡，计划是等塞伯坦重建后皇帝威震天来当，自己做幕后黑手，可惜如意算盘打错了。汽车人@擎天柱：典型的正义派，不管死活反正要主持正义，宁愿自己的家园永远无法重建也要保护地球人，大无畏，可是它永远只能当英雄，当不了领导者，因为他没有把自己集团的利益放在第一位，而是把第三方地球人的利益放在第一位。

汽车人@御天敌：真正的统治者，其实他并没有真正背叛汽车人，正如他所说的，他只是和霸天虎做了个交易，原本是打算带着能量柱过来，把摧毁太阳后的能量送回塞伯坦的，可是却坠毁了，最后没办法只能把塞伯坦拉过来，他的想法只有一个，不惜一切代价重建塞伯坦，他只是牺牲了人类的利益，他才有一个真正的统治者应有的风范，可惜最后也没能成功。