BW01.前往合众地方!捷克罗姆的身影!!X/S/Z/R（修帝、艾莉丝、红豆杉博士、坂木老大登场，修帝得到藤藤蛇，修帝与小智第一次对战，小智落败） BW02.艾莉丝与牙牙!!X/S/Z/R（火箭队原有神奇宝贝寄放在本部，艾莉丝同行，武藏收服滚滚蝙蝠，小智收服豆豆鸽） BW03.水水獭!黑眼鳄!危在旦夕!!S（小智得到水水獭） BW04.对战俱乐部!神秘神奇宝贝现身!!R/D（东·乔治登场，小智得到暖暖猪） BW05.三曜道馆!VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!!R（天桐登场） BW06.梦的遗址!食梦梦与梦梦蚀!!R/F（小智得到挑战徽章，真菰博士博士登场，艾莉丝与天桐加入） 一般系道馆（7~16）BW07.藤藤蛇·迷人收服!?R（小智收服到藤藤蛇） BW08.火红不倒翁与达摩狒狒!钟塔的秘密!! BW09.蜈蚣王发飙!拯救牙牙!!R BW10.劲敌对战!强敌轻飘飘!!X/R/D（富林多登场，修帝与小智第二次对战，小智落败） BW11.石居蟹!去夺回自己的房子吧!!R（天桐得到石居蟹） BW12.破破袋战队与秘密基地!?（小智得到神奇宝贝蛋） BW13.泡沫栗鼠有洁癖!?S/B（白露登场，白露收服泡沫栗鼠） BW14.七宝市!博物馆大冒险!!R BW15.七宝道馆赛!VS道馆训练家·芦荟!!D BW16.再次挑战七宝道馆!新绝招爆发!!D（小智得到基础徽章，暖暖猪学会火焰袭击，水水獭学会喷射水柱） 虫系道馆（17~25）BW17.从蛋中孵出的小霸王!!R（小智的蛋孵化成滑头小子，塞格博士登场） BW18.矢车森林!虫宝包与亚堤!!（小智收服虫宝包，并将豆豆鸽寄放在红豆杉博士处) BW19.酒侍对决!石居蟹VS双刃丸!!C（赤霞珠登场） BW20.皮卡丘VS黑眼鳄VS鸭宝宝!!（皮卡丘学会电球） BW21.天之箭桥与歌德小姐!S（豆豆鸽归队，并将虫宝包寄放在红豆杉博士处） BW22.飞云市!结段蜈蚣恐慌!X/S/R（豆豆鸽进化成波波鸽）　 BW23.火箭队VS等离子队!（前篇）S/R/P/H（延期）（等离子队登场） BW24.火箭队VS等离子队!（后篇）S/R/P/H（延期）（根据BW25，火箭队的任务已结束，小智的虫宝包归队，并将波波鸽寄放在红豆杉博士处） BW25.飞云道馆赛!纯情之心的虫系神奇宝贝对战!!（小智得到甲虫徽章，虫宝包进化成包衣茧并学会能源球；小次郎得到哭哭面具） 电气系道馆（26~?）BW26.飞云市钓鱼大会!钓鱼酒侍天桐登场!!B BW27.可爱的脸要注意!被电飞鼠麻痹了!!B（艾莉丝得到电飞鼠） BW28.电飞鼠VS藤藤蛇!!闪电交替大混乱!!B（白露离队） BW29.烛火鬼大宅的恐怖故事!!R BW30.通往龙系大师之道!牙牙VS赤恶龙!!（牙牙掌握龙之怒） BW31.消失的扇贝贝!水水獭最大的危机!! BW32.恋爱的棉花宝乘着风吧!!（小智的波波鸽归队，并将包衣茧寄放在红豆杉博士处） BW33.利格雷与不明飞行物体!! BW34.劲敌对战!雪花冰、木棒小子参战!!X/N（赤楠在修帝回忆中登场，修帝与小智第三次对战，平手） BW35.震音蟾蜍、玛奇鱼!水边的战斗!!X（小智的包衣茧归队，水水獭掌握喷射水柱，小智收服震音蟾蜍并将其与波波鸽一同寄放在红豆杉博士处，天桐收服玛奇鱼） BW36.龙系克星登场!艾莉丝与龙头地鼠!!（龙头地鼠再次服从与信任艾莉丝并学会集气弹） BW37.滚地球!发射光泽电炮!!（小智收服滚地球，并将某一只神奇宝贝寄放在红豆杉博士处）