在食用菌日益发展的今天，污染率的高低直接影响经济效益。制种、制袋过程杂菌污染是由于外界微生物入侵的结果。在目前广大农村生产食用菌的设备比较简陋，造成污染的途径很多，减少污染主要靠认真操作，把好各个无菌操作技术环节。但有的环节是可以通过人为操作来达到降低污染率，有的环节却是生产工艺和设备本身造成的，只有靠工艺改革，设备改造更新来解决。造成污染后，不仅要及时观察鉴别出污染物，保证菌种、菌袋是纯培养的，而且要客观总结造成污染的原因，采取相应的补救措施，挽救损失。这样，才有利于制种、制袋成本的降低和技术操作水平的提高。造成污染主要原因分析如下：
（1）用于扩大繁殖的菌种本身不是纯培养 无论是制作哪一级菌种（一级种、二级种、三级种），都要使用纯种扩接培养。用于繁殖扩大的菌种本身若已污染，繁殖扩大到新的培养环境中必然造成新的污染。
①表现特点：污染常发生在接种块之中或周围，污染往往是小批量的，污染杂菌种类与菌种污染种类相一致。
②克服办法：这类污染依靠严格控制菌种生产条件和严格检查菌种质量来克服，从斜面培养基的试管种就开始质量检查。以天然固体培养基培养时更要注意细菌污染和防止杂菌菌丝被蘑菇菌丝所覆盖。同时菌种生产场所与栽培场所相隔开。
（2）工艺不合理，设备过于简陋 蘑菇菌种都要经过高压灭菌，特别是以麦粒为基质，一定采用高压灭菌，使培养基达到无菌后再接种纯培养。但目前制种的每个环节的设备是分散的，不能形成一个流水作业线，且灭菌、冷却、接种环境均难达到基本无菌要求，造成无菌培养基重新污染，浪费大量人力和燃料。特别是培养基灭菌后的冷却过程，随着温度的降低，气体体积缩小，造成瓶（袋）内气压降低，冷却室空间的杂菌不仅附着在菌瓶（袋）表面，而且随着瓶（袋）内外气压的动态平衡而进入瓶内或袋内而污染。当棉塞受潮或菌袋破损时，污染机会更多。
①表现特点：污染杂菌的部位、种类无规律性。
②克服办法：提倡规模生产，具有符合微生物传播规律的合理规范的生产工艺，根据微生物传播规律和流水作业规程规划设计，原料加工、储存、制作为有菌区，菌袋培养为无菌区，提倡采用双门灭菌设备将有菌区和无菌区分开；冷却室和接种室配有空气过滤设备，使用高效低毒空间药剂。
（3）培养基灭菌不彻底造成的污染①表现特点：无论是常压灭菌还是高压灭菌，如果同一批灭菌的培养基中大多数或全部污染，且杂菌种类多样。在培养基上中下各部位均出现杂菌，那么这种现象标志着可能是灭菌不彻底造成的缘故。
②克服办法：基质湿度要湿透、均匀；麦粒水分要浸透，不存在白心；采用高压灭菌（可用1.96×105帕，持续1小时灭菌容易达到彻底灭菌的效果），彻底排放冷气，灭菌时间要足够。
（4）操作不慎造成的污染 操作技术包括灭菌操作、灭菌后无菌处理、接种过程无菌操作、接种后培养条件控制等。
①表现特点：操作不慎造成的污染，杂菌不仅在接种块周围，还常在料面的表面，呈花花点点，不一定集中一处，且有断断续续污染的现象。
②克服办法：
A.不使棉塞受潮：高压灭菌时，菌瓶（袋）排列时，有棉塞的一端朝内，不靠锅壁，预先夹层预热，进气由小到大，灭菌结束时，让其自然冷却，锅门微开，让余热把棉塞上水汽蒸发，若一次大开锅门，冷空气大量进入锅内，不仅有杂菌空气污染菌瓶（袋）表、面，而且棉塞潮湿。
B.接种室或接种箱使用前必须严格消毒。
C.接种过程要严格无菌操作：进入接种室后要少走动、少说话。特别要注意在火焰上方接种；拔出棉塞时不要用力直线上拔，应当旋转拔出，避免造成瓶内空气负压，外界空气突然进入；棉塞潮湿应更换干燥棉塞；接种时要将瓶口朝下，特别在取出棉塞后瓶口一定要朝下，接种移动过程接种工具和接种块在火焰上方无接触过程接种；菌袋接种时应做好菌种接种前的处理工作。
（5）培养环境造成污染①表现特点：接种后菌种或菌袋污染率低，随着时间的推移污染率逐渐增高。
②克服办法：选择清洁、干燥、通风的场所为培养场所，并远离杂菌污染源；特别是麦粒种防止老鼠、蟑螂等为害菌瓶（袋），及时更换受潮的棉塞。