首先出现的是安装向导欢迎界面,直接点击“Next”继续，选择安装类型,选择“自定义”custom安装，然后点“Next”下一步，出现自定义安装界面，选择安装路径：C:MySQL Server 4.1(可自定义)点“OK”返回到自定义安装界面，路径已改为设置的路径，点“Next”，准备开始安装，点“Install”开始安装，完成后出现创建MySQL.com帐号的界面。
如果是首次使用MySQL，选“Create anew free MySQL.com accout”，点“Next”，输入你的Email地址和自己设定的用于登录MySQL.com的密码，填完后点“Next”进入第二步，填写姓名等相关信息，填完点“Next”，进入第三步，填完电话号码、公司名称等信息后，点“Next”，然后出现预览你刚才填的信息的界面，点“Next”出现安装完成界面。
注意，这里有个配置向导的选项（Configure the MySQL Server now），建议勾选立即配置你的MySQL。许多说安装完MySQL后无法启动，原因就在于没有配置MySQL。
点击“Finish”完成安装，并开始配置MySQL，点“Next”，进入配置类型选择页面。选“Detailed configuration”(详细配置)，点“Next”，进入服务类型选择页面。选“Developer Machine”（开发者机器），这样占用系统的资源不会很多，点“Next”后，进入数据库用法选择页面。
选择“Multifunctional Database”，点“Next”，进入选择InnoDB数据存放位置页面，不用更改设置，直接放在Installation Path安装目录里即可，然后点“Next”，选择MySQL的同时联接数，选择“Manual Setting”，设置为100(根据自己需要，酌情设置)
点“Next”，配置MySQL在TCP/IP通讯环境中的端口选择默认的3306端口即可。点“Next”，选择MySQL中的字符设置，注意，这里的选择将会影响你是否能在MySQL中使用中文。选择gb2312字符集以便支持简体中文，点“Next”，设置Windows服务选项，注意，这里的选择很关键。
“Install As Windows Service”一定要勾选，这是将MySQL作为Windows的服务运行。“Service Name”就用默认的“MySQL”下面的“Launch the MySQL Server automatically”一定要勾选，这样Windows启动时，MySQL就会自动启动服务，要不然就要手工启动MySQL。
许多人说安装MySQL后无法启动、无法连接、出现10061错误，原因就在这里。点“Next”，设置根帐号root的登录密码，“Modify Security Settings”是设置根帐号的密码，输入你设定的密码即可。 “Create An Anonymous Account”是创建一个匿名帐号，这样会导致未经授权的用户非法访问你的数据库，有安全隐患，建议不要勾选。点“Next”，MySQL配置向导将依据你上面的所有设定配置MySQL，以便MySQL的运行符合你的需要，点“Execute”开始配置，当出现“Service started successfully”时，说明你的配置完成，MySQL服务启动成功点“Finish”完成，整个MySQL的配置完成，剩下的就是用MySQL客户端连接MySQL服务器，然后使用了。